Bộ Công Thương là cơ quan nhà nước được Chính phủ giao nhiệm vụ quản lý về Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa(C/O). Trong đó, Bộ trực tiếp cấp toàn bộ các Form C/O ưu đãi. Đối với toàn bộ chứng nhận xuất xứ không ưu đãi đều do Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam VCCI cấp.

            Nhận thức được tầm quan trọng về việc cấp chứng nhận xuất xứ điện tử, tạo điều kiện cho việc xử lý, tiếp nhận hồ sơ một cách nhanh chóng, từ năm 2006, Bộ Thương mại (cũ) đã cho triển khai Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử eCoSys. Hệ thống ban đầu chỉ đơn giản là nhập liệu dữ liệu C/O từ 7 phòng Quản lý xuất nhập khẩu, các Ban quản lý khu công nghiệp và các điểm cấp C/O của VCCI trên toàn quốc. Đến năm 2007, hệ thống thí điểm triển khai cho 50 doanh nghiệp có uy tín, kim ngạch xuất khẩu cao và ổn định. Năm 2008, Hệ thống được triển khai rộng rãi cho toàn bộ thương nhân đề nghị cấp C/O form ưu đãi do Bộ Công Thương cấp. Mọi hồ sơ đều được ký điện tử trên hệ thống.

            Ngày 12 tháng 3 năm 2015 Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 19/NQ-CP, trong đó nêu rõ: “Giai đoạn 2014-2015 tập trung cải thiện môi trường kinh doanh, đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính, rút ngắn quy trình xử lý, giảm thời gian thực hiện, giảm chi phí hành chính, bảo đảm công khai minh bạch và nâng cao trách nhiệm của các cơ quan hành chính nhà nước”. Với sự chỉ đạo quyết liệt của lãnh đạo Bộ về đẩy mạnh công tác cải cách hành chính theo Nghị quyết 19/NQ-CP của Chính phủ, trong thời gian qua, Cục Xuất Nhập khẩu đã phối hợp với Cục Thương mại điện tử và Công nghệ thông tin và các đơn vị liên quan, liên tục cải tiến quy trình cấp phép, nâng cấp hệ thống điện tử, với mục tiêu tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong việc khai báo, giảm thiểu thời gian xử lý và cấp phép hồ sơ, nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp Việt nam. Đến nay, có thể nói rằng, Hệ thống eCoSys là một hệ thống dịch vụ công được biết đến như là một điểm sáng trong công tác triển khai dịch vụ công trực tuyến của Bộ Công Thương cũng như cả nước. Số liệu thống kê cho thấy, đến thời điểm hiện tại, có khoảng 11.000 doanh nghiệp tham gia hệ thống. Số lượng C/O được duyệt điện tử và cấp phép năm 2013 là 274.562, năm 2014 lên đến 449.353 hồ sơ. Riêng đối với form D, trong năm 2013 đã có tới hơn 50000 bộ hồ sơ, năm 2014 là 72075 bộ được cấp phép qua hệ thống.

            Ngày 24 tháng 4 năm 2015, Bộ Trưởng Bộ Công Thương đã ký Quyết định số 40482/QĐ-BCT về việc ban hành Quy trình thí điểm tiếp nhận, xử lý hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ qua Internet. Trước mắt, việc thí điểm sẽ được thực hiện đối với form D cho 57 doanh nghiệp trên cả nước (theo Quyết định số 4099/QĐ-BCT ngày 24 tháng 4 năm 2015).

            Việc ban hành Quyết định là nhằm đáp ứng nhu cầu cải cách thủ tục hành chính theo hướng đơn giản hóa, tiết kiệm thời gian và chi phí để nâng cao hiệu quả và chất lượng dịch vụ công phục vụ doanh nghiệp, đồng thời tạo thuận lợi cho quá trình trao đổi thông tin và dữ liệu liên quan đến việc cấp và kiểm tra xuất xứ giữa Bộ Công Thương với các Bộ ngành liên quan.

            Việc thực hiện cơ chế thí điểm cũng là yêu cầu của Ban chỉ đạo quốc gia về Cơ chế Một cửa ASEAN và Cơ chế Hải quan Một cửa quốc gia, làm cơ sở để trao đổi dữ liệu với cơ quan hải quan các nước ASEAN và trong tương lai triển khai giám sát doanh nghiệp tự chứng nhận xuất xứ.